Az epizootikus nyúl enteropátia patomechanizmusának vizsgálata metagenom bioinformatikai analízissel Biológia

35 OTDK, Biológia Szekció, Bioinformatika és rendszerbiológia Tagozat.

Az epizootikus nyúl enteropátia patomechanizmusának vizsgálata metagenom bioinformatikai analízissel

Helyezés: 2

Hallgató: Bódizs Szabolcs
Szak: Biotechnológia, Képzés típusa: msc, Intézmény: Eötvös Loránd Tudományegyetem, Kar: Természettudományi Kar

Témavazető: Dr. Szenes Áron - tudományos munkatárs (ÁTE), Állatorvostudományi Egyetem N

Világszerte, így hazánkban is a húsnyúl-telepek legsúlyosabb, járványos megbetegedései közé tartozik az epizootikus nyúl enteropátia (ERE). A betegség terjedése elleni jelenlegi legjobb módszer a kórokozó populációjának antibiotikumos kezelése. A hatékony védekezéshez szükséges a patogén ismerete, azonban ezzel kapcsolatban a hagyományos mikrobiológiai módszerekkel idáig nem sikerült még alapvető kérdésekre sem választ adni.
Jelen dolgozat célja a lehetséges patogén fajok felfedezése; valamint az intesztinális metagenom-egyensúly változásának karakterizálása az ERE-vel összefüggésben, ami jobb rálátást adhat a betegség patomechanizmusára.
Kutatásom során beteg és egészséges nyulak vakbeléből izolált DNS mintákkal dolgoztam. A mintákat egy összetett metagenom-elemzésnek vetettem alá: megvizsgáltam az egyes mikrobióták diverzitását, és készítettem egy differenciál abundancia analízist a tünetekkel legerősebb asszociációt mutató taxonok azonosítására.
A főkomponens-analízis (PCoA) alapján a beteg és egészséges egyedek metagenomja egyértelmű különbségeket mutat, vagyis az emésztőrendszer bakteriális egyensúlya jelentősen változik a betegség során. Az alfa diverzitási értékek szerint ez nem a mikrobiális fajösszetétel, hanem az egyes taxonok relatív abundanciájának változásából adódik.
A beteg egyedekben jelentősen nőtt az opportunista patogének, mint a Bacteroides és az Escherichia egyedszáma, valamint jelentős mennyiségben kimutathatóak a betegség legvalószínűbb okozójának tartott Clostridium egyedei.